智慧档案库房一体化管理系统功能架构分为：基础设施层、集成接口层、数据层、应用支撑层、应用管理层、系统展示层等。系统架构中各层功能说明如下：
        基础设备层：所有的数据均来源于底层物理设备。本层包含所有被监控的智能设备及传感设备，如库房环境监控设备、安防(视频、门禁及入侵)设备、RFID设备、恒温恒湿设备、消毒灭菌自动化设备等；现场设备具备高可靠性、抗干扰能力；能够提供常用标准通讯接口协议，以便对第三方设备及系统进行集成。
        系统服务层：为应用层提供基础支撑，包括系统配置、数据报表、权限划分、日志记录、系统维护、消息提醒、分析预测等。
        应用管理层：采用统一的一体化管理平台实现对各子系统的实时监控和管理，包含环境监控管理、RFID档案管理、智能密集架管理、报表管理、统计分析及双机热备等，平台实时接收基础设备层上传来的数据及告警信息，经过相应的逻辑处理分析后存储数据，并提供向上的应用服务供客户端使用，实现数据存储、记录告警事件，并以各种不同的方式输出告警。其作为人机交互的主要部分完成所有的数据可视化展示工作，其所有展示结果来源于系统服务层对数据的调用、分析或再处理。
        系统展示层：包括Client客户端、Web浏览、移动终端、2D/3D人机交互界面及大屏展示。